Als er das Amt antrat, geriet der linke Führer in einen Machtkampf mit dem von der Opposition geführten Kongress und wurde vom Generalstaatsanwalt beschuldigt, eine kriminelle Organisation zu leiten, an der seine Familie und Verbündete beteiligt waren und die öffentliche Aufträge gegen Geld vergab. Vor seiner Absetzung im Dezember 2022 sagte Castillo, der Plan zur "vorübergehenden" Auflösung des Kongresses bestehe darin, "Rechtsstaatlichkeit und Demokratie" im Land wiederherzustellen. In dem dem Gericht vorgelegten Antrag wird Castillo vorgeworfen, "einen Staatsstreich durchgeführt" zu haben.
Oppositionspolitiker sagten jedoch, die Entscheidung verstoße gegen die peruanische Verfassung, und der Kongress stimmte mit überwältigender Mehrheit dafür, ihn von der Spitzenposition des Landes zu entfernen. Castillo argumentierte, er sei Opfer einer politischen Verschwörung zwischen der rechten Opposition und dem Generalstaatsanwalt geworden.
Nach der Festnahme wurde Peru monatelang von schweren Unruhen erschüttert, bei denen die Sicherheitskräfte massiv gegen Demonstranten vorgingen. Fast 50 Menschen wurden dabei nach Schätzungen der Menschenrechtsorganisation Human Rights Watch getötet.
Die Proteste wurden maßgeblich von armen, indigenen Peruanern aus dem Süden getragen. Sie sehen Castillo, der ebenfalls aus einfachen Verhältnissen stammt und indigene Wurzeln hat, als Verbündeten in ihrem Kampf gegen Armut, Rassismus und Ungleichheit. Der 54-Jährige weist alle gegen ihn erhobenen Vorwürfe von sich und sieht sich als Opfer einer politischen Konspiration.
