Mundlos und Böhnhardt verübten zudem zwei Bombenanschläge in Köln mit Dutzenden Verletzten. Die beiden töteten sich 2011, um ihrer Festnahme zu entgehen - erst damit war der NSU aufgeflogen. Zschäpe, die einzige Überlebende des Trios, wurde 2018 nach mehr als fünf Jahren Prozessdauer zu lebenslanger Haft verurteilt - als Mittäterin, auch wenn es nie einen Beweis dafür gab, dass sie selbst an einem der Tatorte war. Das Oberlandesgericht München stellte zudem die besondere Schwere der Schuld fest. Der Bundesgerichtshof (BGH) hat eine Revision Zschäpes im August 2021 verworfen. Sie verbüßt ihre Haftstrafe seit 2019 in der JVA Chemnitz.
Ziel des zweiten NSU-Untersuchungsausschusses im Landtag ist es unter anderem, mögliche Verbindungen des NSU in die Neonazi-Szene in Bayern aufzuklären. Dabei hoffen die Abgeordneten nun auch auf Zschäpe.
Im NSU-Prozess hatte sich Zschäpe in schriftlichen Einlassungen geäußert sowie zweimal selbst zu Wort gemeldet. Schriftlich räumte sie ein, von den Banküberfällen ihrer Freunde Mundlos und Böhnhardt gewusst und die letzte Fluchtwohnung des Trios im sächsischen Zwickau in Brand gesteckt zu haben. Aber von den Morden und Anschlägen will sie immer erst im Nachhinein erfahren haben. Später sagte sie in einer kurzen Erklärung, sie bedauere ihr "Fehlverhalten" und sie verurteile, was Mundlos und Böhnhardt den Opfern "angetan haben". Das Münchner Oberlandesgericht folgte dagegen der Argumentation der Bundesanwaltschaft: Zschäpe habe sehr wohl "alles gewusst, alles mitgetragen und auf ihre eigene Art mitgesteuert und mit bewirkt".
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